L’organisation de la recherche comprend l’équipe d’archéologues, l’équipe de coordonateurs administratifs et l’équipe de chercheurs et de collaborateurs externes.

Les archéologues planifient la recherche en fonction d’objectifs et de thèmes qui permettent d’orienter leurs activités sur le terrain et en laboratoire. Mais, principalement,  ils se concentrent sur un programme de recherche qui oriente et précise l’ensemble des activités qu’ils prévoient réaliser au cours des prochaines années. Ce programme explicite la démarche scientifique préconisée en proposant une problématique de recherche, en adoptant une approche écologique et en cernant son aire d’études.

Le cadre et les orientations de la recherche sur le terrain et en laboratoire impliquent la participation de quatre archéologues chevronnés qui ont des responsabilités et des champs d’expertise distincts. L’ensemble est encadré administrativement par la Commission et son comité de suivi, où le Ministère joue un rôle-conseil important. De plus, un comité composé de chercheurs de la Ville de Québec, de l’Université Laval, de l’Université de Montréal et du Conseil national de la recherche scientifique de France, veille aux aspects scientifiques du projet.